Los seres humanos se concentran en las proximidades de los cursos de agua y provocan que los sistemas de agua dulce sean los primeros hábitats en degradarse. Usan el agua, consumen sus especies animales, utilizan sus cauces para desplazarse y como colectores de sus vertidos.
Hay que considerar también que los ecosistemas de agua dulce son muy vulnerables. Por un lado los cauces soportan los flujos de materiales constantes y con cambios rápidos; por otro, los lagos y estanques tienen ciclos naturales muy lentos con lo que tardan mucho en expeler los agentes contaminantes.
No debe extrañarnos por tanto la afirmación de que la contaminación del agua es uno de los problemas más graves con los que se enfrenta la civilización actual. Lluvias ácidas, vertidos de aguas residuales, productos químicos agrícolas, metales pesados, etc. se incorporan al caudal de agua de los ríos. Este problema es particularmente grave en todos los países: en los industrializados por la cantidad y la diversidad de agentes contaminantes y en los países en desarrollo debido a la imposibilidad de hacer frente al coste económico que suponen las tecnologías para la depuración del agua y la regeneración de las aguas residuales. Por otra parte, muchos de estos contaminantes son difíciles de eliminar por los métodos convencionales de depuración. Su recuperación va a ser muy costosa.
El agua dulce no es solamente agua. La biodiversidad de ríos, lagos, torrentes y zonas húmedas es el conjunto de ecosistemas más amenazados de la Tierra. Casi el 20% de los peces de agua dulce han desaparecido o están en peligro de hacerlo. Esta cifra es mucho mayor en algunos países industrializados como sucede en Europa Oriental. Pero no son sólo los peces. Anfibios, moluscos y otras muchas especies peligran también aunque no se conoce suficientemente la biodiversidad de agua dulce.
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